Οι Κατακόμβες της Μήλου είναι ένα από τα σπουδαιότερα ευρήματα των πρώτων χριστιανικών χρόνων. Ανακαλύφθηκαν το 1844 και σύμφωνα με τις ανασκαφικές έρευνες χρονολογούνται από τα τέλη του 1ου αιώνα. Μαζί με τις Κατακόμβες της Ρώμης αποτελούν τα σπουδαιότερα παλαιοχριστιανικά νεκροταφεία και τόπους λατρείας της εποχής των διωγμών των χριστιανών.
Οι κατακόμβες της Μήλου χρησιμοποιήθηκαν μέχρι και τον 5ο αιώνα. Πρόκειται για ένα σύμπλεγμα που αποτελείται από τρεις κατακόμβες. Υπόγειοι διάδρομοι μικρότεροι και μεγαλύτεροι, διακλαδώνονται μεταξύ τους και καταλήγουν σ΄ ένα νεκρικό θάλαμο. Οι διάδρομοι έχουν μήκος περίπου 200μ. Στις πλευρές τους βρίσκονται λαξεμένοι τοξωτοί τάφοι ή αρκοσόλια, στους οποίους βρέθηκαν από πέντε έως επτά νεκροί. Ταφές εντοπίστηκαν και στο δάπεδο των διαδρόμων. Πολλοί τάφοι ήταν διακοσμημένοι με φυτικά κοσμήματα και συμβολικές παραστάσεις. Υπολογίζεται ότι στις κατακόμβες τάφηκαν πάνω από 2000 χριστιανοί.
Εκτός όμως από νεκροταφείο, οι κατακόμβες χρησιμοποιούνταν και ως τόποι λατρείας τα δύσκολα χρόνια των διωγμών των χριστιανών. Οι κατακόμβες της Μήλου αποδεικνύουν το πόσο πρώιμα διαδόθηκε ο χριστιανισμός στο νησί. Σήμερα, ένα τμήμα των στοών είναι επισκέψιμο. Η περιήγηση στις κατακόμβες γεμίζει δέος κάθε επισκέπτη.