Τα παραδοσιακά πανηγύρια δίνουν χρώμα και λάμψη στο νησί. Αν οι ημέρες της παραμονής σας στα Κουφονήσια συμπέσουν με κάποια τοπική γιορτή, θα βιώσετε μια εμπειρία μοναδική.
Προστάτης του νησιού είναι ο Άγιος Γεώργιος. Την ημέρα της γιορτής του (Δευτέρα του Πάσχα), μετά τη λειτουργία γίνεται η περιφορά της εικόνας. Ο "πανηγυράς", ένας νησιώτης ταγμένος στον Άγιο, κάνει το γύρο του νησιού κρατώντας την εικόνα στα χέρια. Οι δρόμοι από τους οποίους περνά είναι σπαρμένοι με ροδοπέταλα. Η πομπή καταλήγει στο χωριό, οπού ακολουθεί παραδοσιακό γλέντι. Προσφέρετε φαγητό και κρασί σε όλους τους παρευρισκόμενους.
Μεγάλο πανηγύρι γίνεται στις 20 Ιουλίου, στην γιορτή του Προφήτη Ηλία και τον Δεκαπενταύγουστο. Τότε όλοι οι κάτοικοι από το Επάνω Κουφονήσι πηγαίνουν με τα καΐκια στο Κάτω Κουφονήσι που βρίσκεται η εκκλησία της Παναγιάς. Μετά τη λειτουργία ακολουθεί φαγοπότι με τοπικά εδέσματα. Στην επιστροφή γίνεται αγώνας ταχύτητας μεταξύ των καϊκιών για το ποιο θα μπει πρώτο στο λιμανάκι του Κουφονησιού.