Η Κάρπαθος, λόγο της σημαντικής της γεωγραφικής θέσης, αποτέλεσε από τα αρχαία χρόνια το μήλο της έριδος για πολλούς κατακτητές. Σα φυσική γέφυρα ανάμεσα σε τρεις ηπείρους, της Ευρώπης, της Ασίας και της Αφρικής, διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο στη διακίνηση των πληθυσμών από την Ανατολή προς τη Δύση και αντίστροφα. Η Κάρπαθος κατοικείται από τα νεολιθικά χρόνια και έχει να επιδείξει μια πολυσήμαντη ιστορική διαδρομή.
Ήταν γνωστή από την εποχή του Ομήρου. Μάλιστα έλαβε μέρος και στον Τρωικό πόλεμο. Στον ύμνο προς τον Απόλλωνα, ο Όμηρος αποκαλεί το νησί «Ηνεμόεσσα» που σημαίνει ανεμοδαρμένη.
Αργότερα η Κάρπαθος αποικήθηκε από Μινωίτες, που κατέφθασαν στο νησί από τη γειτονική Κρήτη.
Ακολούθησαν οι Δωριείς τον 5ο π.Χ. αιώνα. Τότε ιδρύθηκαν τέσσερις πόλεις στο νησί. Το Ποσείδιο ή Ποτίδαιο, η Αρκεσία, η Βρυκούντα και η Νίσυρος.
Την κλασική εποχή το νησί γίνεται μέλος της Αθηναϊκής Συμμαχίας και γνωρίζει μεγάλη οικονομική και πνευματική άνθηση.
Στα χρόνια της Ρωμαϊκής κυριαρχίας, το λιμάνι της Καρπάθου χρησιμοποιείται ως καταφύγιο για το στόλο των Ρωμαίων.
Τη Βυζαντινή περίοδο, το νησί δέχτηκε πολλές πειρατικές επιδρομές και γνώρισε πολλές καταστροφές.
Το 1206 πέρασε στην κυριαρχία των Γενοβέζων και αργότερα των Ιπποτών του Τάγματος του Αγίου Ιωάννη, οι οποίοι κατείχαν και τη Ρόδο.
Το 1538, οι Τούρκοι κατακτούν την Κάρπαθο, όπως και όλα τα Δωδεκάνησα, τα οποία κατείχαν για τέσσερις περίπου αιώνες.
Το 1821, η Κάρπαθος πήρε μέρος στην Ελληνική επανάσταση. Ακολούθησε όμως τη μοίρα των υπόλοιπων νησιών του συμπλέγματος και παρέμεινε υπό Τούρκικη κατοχή, ως το 1912 που τα Δωδεκάνησα περιήλθαν στην κατοχή των Ιταλών.
Η ένωση της Καρπάθου με την Ελλάδα έγινε το 1948.