Κατά την παραμονή σας στα Φηρά αξίζει να επισκεφθείτε τα μουσεία της πόλης που φιλοξενούν τα ανεκτίμητης αξίας ευρήματα από τις ανασκαφές στους αρχαιολογικούς χώρους του νησιού. Το Αρχαιολογικό μουσείο Θήρας φιλοξενεί συλλογές που περιλαμβάνουν γλυπτά και επιγραφές από την αρχαϊκή και τη ρωμαϊκή περίοδο καθώς και κεραμικά και πήλινα ειδώλια από τη γεωμετρική μέχρι και την ελληνιστική εποχή.
Το μουσείο προϊστορικής Θήρας θεωρείται ένα από τα σημαντικότερα της Ελλάδας καθώς φιλοξενεί τα σημαντικά ευρήματα που ήρθαν στο φως από τις ανασκαφές στο Ακρωτήρι. Ιδιαίτερη εντύπωση προκαλούν σε κάθε επισκέπτη τα μεγαλοπρεπή τοιχογραφικά σύνολα.