Στην βορειοανατολική πλευρά του νησιού, στην κορυφή ενός λόφου βρίσκεται ο αρχαιολογικός χώρος της Αφαίας, ο οποίος ξεχωρίζει για την πολύ καλή κατάσταση στην οποία διατηρείται ο υστεροαρχαϊκού τύπου ναός του.
Αρχικά ο χώρος αυτός ήταν αφιερωμένος στη λατρεία της τοπικής θεάς Αφαίας, που αργότερα ταυτίστηκε με την Αθηνά. Τα ευρήματα των προϊστορικών χρόνων που έφεραν στο φως οι ανασκαφές, οδηγούν στο συμπέρασμα ότι λατρεία υπήρχε από τις αρχές της 2ης χιλιετίας π.Χ.

Ο ναός της Αφαίας
Ο επιβλητικός ναός, που δεσπόζει στον αρχαιολογικό χώρο χρονολογείται από το 500 π.Χ. Κτίστηκε πάνω στα ερείπια ενός προγενέστερου ναού. Ο πρόναος και ο οπισθόδομος που ναού καταλήγουν σε δύο κίονες μεταξύ παραστάδων και ο κυρίως ναός χωρίζεται σε τρία κλίτη με δύο δίτομες κιονοστοιχίες αποτελούμενες από πέντε δωρικούς κίονες η κάθε μία.
Στο εσωτερικό του ναού φυλασσόταν το χρυσελεφάντινο άγαλμα της θεάς, για την προστασία του οποίου προστέθηκαν κιγκλιδώματα στον πρόναο και στον οπισθόδομο. Τα αετώματα και τα ακρωτήρια του ναού κατασκευάστηκαν από παριανό μάρμαρο. Σ’ αυτά η Αθηνά καταλαμβάνει το κέντρο, ενώ οι υπόλοιπες μορφές ανήκουν σε πολεμιστές. Πιστεύεται ότι στο ανατολικό αέτωμα απεικονίζεται η παλαιότερη εκστρατεία του Ηρακλή κατά της Τροίας και στο δυτικό η γνωστή εκστρατεία των Ελλήνων με αρχηγό τον Αγαμέμνονα.