Η Σχοινούσα έχει καθημερινή σύνδεση με τον Πειραιά μέσο της γραμμής: Πάρος - Νάξος - Ηράκλεια - Σχοινούσα - Κουφονήσια - Κατάπολα.
Επίσης, το νησί συνδέεται με τη Νάξο με τοπικά δρομολόγια.
Για περισσότερες πληροφορίες:
ΛΙΜΕΝΑΡΧΕΙΟ ΠΕΙΡΑΙΑ 210 4226000 - 4
ΛΙΜΕΝΑΡΧΕΙΟ ΣΧΟΙΝΟΥΣΑΣ 22720 55394
ΛΙΜΕΝΑΡΧΕΙΟ ΝΑΞΟΥ 22850 22300