Η μεσογειακή φώκια Monachus - Monachus, καθώς και πολλά άλλα σπάνια είδη χλωρίδας και πανίδας, ζουν στην Alonissos και στα γύρω νησιά. Η περιοχή αυτή έχει μεγάλη οικολογική, βιολογική και επιστημονική σημασία. Δεν είναι τυχαίο ότι από το 1992 έχει χαρακτηριστεί ως το Εθνικό Θαλάσσιο Πάρκο Αλοννήσου και Βορείων Σποράδων. Πρόκειται για το πρώτο θαλάσσιο πάρκο αυτού του είδους στην Ελλάδα και το μεγαλύτερο στην Ευρώπη.
Η δημιουργία του θαλάσσιου πάρκου αποτέλεσε ένα σημαντικό βήμα για τη διάσωση και προστασία της μεσογειακής φώκιας Monachus - Monachus. Το Θαλάσσιο Πάρκο καλύπτει μια εκτεταμένη θαλάσσια περιοχή 2.200 τετραγωνικών χιλιομέτρων και προστατεύεται από ειδική νομοθεσία. Στην περιοχή υπάρχουν περισσότερες από 36 σπηλιές, οι οποίες λειτουργούν ως καταφύγια για τη φώκια Monachus - Monachus στην Αλόννησο και στα γύρω νησιά.
Οι επισκέπτες μπορούν να περιηγηθούν στο Θαλάσσιο Πάρκο και να γνωρίσουν αυτό το μοναδικό οικοσύστημα, ακολουθώντας πάντοτε τους κανονισμούς προστασίας της περιοχής. Η περιοχή εποπτεύεται από τις λιμενικές αρχές.
Η ζώνη απόλυτης προστασίας περιλαμβάνει τα νησιά Πιπέρι, Γιούρα, Κυρά-Παναγιά, Σκάντζουρα και Ψαθούρα.